对于龙岩学院、闽西职业技术学院和市农、林科所等以我市为主兴办的地方高校和科研院所而言，其主要宗旨就是为地方的经济和社会事业发展提供更直接的人才支撑和智力支持。所以，这些单位对促进我市的自主创新工作将有义不容辞的责任。
    与企业相比，地方高校和科研院所具备以下相对优势：一是各学科人才比较齐备、便于组织科研团队；二是具有实验室等科技创新平台、便于科研工作的开展；三是和名牌高校及高层科研院所联系密切、便于掌握最新科技动态。当然，它们的科技成果的转化离不开企业等生产部门的对接。与名牌高校及高层科研院所相比，地方高校和科研院所具备以下相对优势：一是对地方发展需要和现实基础知情，有利于增强科技创新的针对性和实用性；二是同属地方管理，有利于横向合作、建立与科技创新相适应的机制和体系；三是就近服务，有利于全程介入科技开发和成果的产业化。
    地方高校和科研院所在两大方面的相对优势和特点决定了它们在我市自主创新中的重要作用，那就是：在提高我市的集成创新能力和引进消化吸收再创新能力方面多做贡献。关于自主创新的全面内涵，中央提出要有3种形式：原始创新、集成创新、引进消化吸收的二次创新。地方高校和科研院所应侧重后两种形式的工作，才能做到扬长避短、一切从实际出发。为了使地方高校和科研院所在我市的自主创新中又快又好地发挥作用，建议采取以下措施：一是明确自己的自主创新工作重心定位；二是主动出击，与县级乃至乡镇一级的地方政府建立密切协作机制，在地方重大项目合作开发、联合培养科技和管理人才、互相兼职等方面进行大胆的探索；三是在地方政府的协调和支持下，与企业及相关生产部门以各种形式共建研发机构和产业化的有机联合体，充分发挥和利用产学研结合的整体优势，集中力量对地方产业结构调整急需的共性、关键性技术进行联合攻关，实现技术的突破和跨越。